서열정보 및 구조정보를 이용한 단백질 호몰로지 예측

김봉현(joshuabhk)  Univ. of Texas Southwestern Medical Center at Dallas

단백질의 진화 연구에 있어서, 공통 조상을 가진 단백질간의 관계를 호몰로지 (homology)라고 한다. 따라서 homologous 한 두 단백질은 그렇지 않은 단백질에 비해서 그 역할이나 3차원 구조가 비슷할 확률이 더 높다 [1]. 생명과학 연구자에게 단백질간의 호몰로지는 우리가 새로운 단백질을 발견했을 때 실험적으로 테스트 할 수 있는 가설(testable hypothesis)을 제공해 주는 매우 유용한 툴이며 이 때문에 단순 서열 비교로 호몰로지를 예측해 주는 툴인 NCBI의 BLAST  는 분자 생물학에 있어서 필수적인 도구가 되었다[2]. 단, 이 때 주의 할 것은 호몰로지는 높거나 혹은 낮은 정확도로 예측될 수 있을 뿐 거의 모든 경우에 있어서 두 단백질이 정말 같은 공통 조상에서 유래되었는가는 실험적으로 증명이 거의 불가능하다 [1]. 가끔 논문에서 보이는 “90%의 서열 호몰로지를 가진다” 라는 표현은 엄밀히 말해 잘못된 표현이다. 호몰로지는 그 정의에서 보듯이 호몰로지를 갖거나 갖지 않는 것이고 위의 표현은 마치 어떤 남녀가 90% 부부이다 라고 말하는 것과 같다.

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