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2006년 1월 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정된 연세프로테옴연구센터에서는 제 27차 프로테오믹스 워크샵을 2009년 2월 9일부터 13일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다.

 

이번 27차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육 뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것에 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과의 얻는 과정에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 등을 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서 해당 분야 연구자들께 도움을 드리고자 합니다. 

 

이번 워크샵에서는 지난 9년간 총 26차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 9 단계의 lab과정 및 14차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전 과정을 직접 실시하게 되며, 강의과정을 통해서 proteomics분석 방법의 이론적 배경 및 문제점의 해결 방법을 교육받으실 수 있습니다. 2DE 분야의 새로운 경향으로 자리잡은 Narrow range 2DE와 DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Free Flow Electrophoresis, ZOOM, Rotofor, MARC,  Proteominer 등의 prefractionation 과정과 non 2DE 기반 장비들인 LC-MS/MS, LC-MALDI, PF2D, 및 iTRAQ에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 응용 가능성을 미리 검토하시기 바랍니다.

 

2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여, Melanie 분석 프로그램을 개인별로 할당하여, 직접 프로그램을 사용하면서 교육받고, DIGE 분석용 프로그램인 Decyder 6.5 에 대한 소개도 들으실 수 있도록 하였습니다.

 

Functional proteomics 접근법 중 하나인 protein microarray 및 그 실험법에 대한 강의도 들으실 수 있습니다.

 

심도 있는 Proteome informatics session을 기획하여, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.

 

 

2009. 1. 05
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org)  소장  백  융  기
 

워크샵 안내

1) 일시: 2009년 2월 9일 ~ 2월 13일 (5 일간)

 

2) 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
후원: 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터(BPRC), 한국인간프로테옴기구 (KHUPO), Bio-Rad ㈜,

 

3) 강사진
1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 회장, HPPP Co-Chair,      HLPP/HPPP

    Executive Committee Member (이사), Senior Editor (Proteomics 저널), Editorial Board

    Member (MCP, Clinical Proteomics, Cancer Biomarker 저널 등)
2. 강의와 실험 조교
    YPRC/BPRC 연구원- 조상연 박사, 이은영 박사, 이형주 박사  

    정안성, 최은영 (In-gel digestion & MALDI-TOF), 
    나근 (DIGE), 김혜영 (Sample preparation, 2-DE), 
    정슬기 (Proteome Informatics)

 

4) 정원: 15명 이내

 

5) 참가비: YPRC, 유전체연구센터 참여 연구원 - 110만원, 일반- 130만원

 

6) 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
 1. 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 강의용 유인물 자료 등)
 2. 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample)
 3. 수료증, 실험가운, USB 메모리 (1 GB)
 4. 워크샵 기간 중 중식, 무료 주차

 

7) 참가신청요령 및 등록마감일
첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다
o 담당자 (이은영): eylee@yonsei.ac.kr (02-2123-6625)
o 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.

 

 

Day 1 Monday, February, 9, 2009

9:00 Registration, Coffee & Tea
9:30 [Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics and
        Discovery of Biomarker (presented by Young-Ki Paik, Ph.D.)
11:00 [Lab 1] Sample Preparation and Isoelectric focusing (IEF)
12:30  Lunch
14:00 [Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation)
16:00 [Lecture 2 and Demonstration 1] Prefractionation (ZOOM, Rotofor, FFE)
17:30  End Day 2 Tuesday, February, 10, 2009
8:30 Coffee & Tea
9:00  [Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples
11:00  [Lecture 3 and demonstration 2] Mass spectrometry Basics and Application of Nano

           LC-MS/MS system
12:00 Lunch
13:30 [Lecture 4] Breakthrough of Hurdles in Proteomics (2DE trouble shooting)
15:30 [Lecture 5 and Demonstration 3] Introduction of labeling technique – DIGE, SILAC

          (Typhoon 9400, Decyder6.5)
17:30 [Lab 4] De-casting & Protein Detection (CBB)
18:30 End

         Day 3 Wednesday, February, 11, 2009
8:30 Coffee & Tea
9:00 [Lecture 6 and Demonstration 4] ProteomeLab PF2D
10:00 [Special Seminar] Protein Changes in Disease: studied by proteomics and other

          approaches (presented by Jisnuson Svasti, Ph.D. from Thailand)
11:00  [Lecture 7] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis
12:00 Lunch
13:30  [Lab 5] Image Capture
15:30  [Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis
17:30 End

Day 4 Thursday, February, 12, 2009
8:30 Coffee & Tea
9:00 [Lecture 8 and Lab 7] Desalting of peptide mixtures (Poros) and MALDI plate spotting
11:00 [Demonstration 5] LC-MALDI-TOF, 4800 MALDI-TOF/TOF
12:00 Lunch
13:30  [Lecture 9 and Lab 8] 2-DE image analysis
16:00 [Lecture 10] Protein microarray
17:00 [Sponsored session] Dynabeads for protein isolation (Woongbee Meditech)
17:30 End

 

Day 5 Friday, , February, 13, 2009

9:00 Coffee & Tea
9:30 [Lecture 11] Database search tips on PMF
         [Lab 9] Practice of MALDI-MASS & DB search
12:00  Lunch / Commencement / Photo
14:00 [Lecture 12] Proteome Informatics tools
16:00  [Lecture 13] Instructions to authors (MCP guideline)
17:00 [Lecture 14] Scientific Writing Skills for the MajorProteomics Journals 
18:00 Closing Remark (by Young-Ki Paik, Ph.D.)

(* 본 일정은 사정에 따라 예고 없이 변경될 수 있습니다)