유전체 데이터 분석 워크샵 [The 12th GDA]

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등록일2016-12-22
조회수8364
구분 국내
행사교육분류 행사

주관기관
서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
행사장소
서울의대 동창회관 3층 가천홀
행사기간
2017-02-20 ~ 2017-02-24
원문링크
http://www.snubi.org/workshop/the12thgda/gda2017_winter_page.html
첨부파일

제12차 Genome Data Analysis Workshop

제1차 GDA Workshop: 2011년 8월 22일~26일, 서울의대

제2차 GDA Workshop:    2012년 2월 20일~24일, 서울의대
    제2차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
    (1) micro-RNA 데이터 분석
   (2) 개인유전체 해석: Personal Genome Interpretation
    (3) 암유전체/희귀질환유전체 데이터 분석

제3차 GDA Workshop:    2012년 8월 20일~24일, 서울의대
     제3차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
    (1) Family-based 엑솜시퀀싱 분석
   (2) TCGA (The Cancer Genome Atlas) 데이터 분석

   제4차 GDA Workshop:    2013년 2월 18일~22일, 서울의대
      제4차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
   (1) eQTL 데이터 분석
(2) PheWAS & EWAS 데이터 분석

제5차 GDA Workshop:    2013년 8월 26일~30일, 서울의대
    제5차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
    (1) 시퀀스 레벨 전사체 분석: Isoforms, Alternative Splicing, RNA-editing, and Fusion Gene
    (2) 개인유전체 해석을 위한 지식/데이터기반 자원 소개와 유전적 위험 예측 분석
   (3) Post-GWAS: EMR 데이터와 질병 연관 분석

제6차 GDA Workshop:    2014년 2월 24일~28일, 서울의대
    제6차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
    (1) Human Genome Data Analysis using ENCODE
    (2) Cancer Genome Data Analysis using TCGA

제7차 GDA Workshop:    2014년 8월 25일~29일, 서울의대
    제7차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
    (1) Functional Annotation of Sequence Variants
    (2) Expression Profiling and Alleleic Status using TCGA RNA-seq Data

제8차 GDA Workshop:    2015년 2월 23일~27일, 서울의대
    제8차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 1개가 추가 되었다.
     (1) The Final Release of the 1000 Genomes Project Data (2,504 samples) Usage

제9차 GDA Workshop:    2015년 8월 24일~28일, 서울의대
    제9차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
      (1) Rare, common and disease variant interpretation
     (2) Clinical applications of Genetics and Genomics

제10차 GDA Workshop:    2016년 2월 22일~26일, 서울의대
    제10차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
      (1) The Dominant Regulatory microRNAs and Epigenetic Modulators
     (2) Genomic Understanding of Common and Complex Diseases

제11차 GDA Workshop:    2016년 8월 22일~26일, 서울의대
    제11차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가될 예정이다.
      (1) Advanced methods and algorithms for genetic and genomic data analysis
     (2) Alternative Splicing and Polyadenylation Analysis

제12차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가될 예정이다.
      (1) Somatic mutation/CNV detection and Mutual exclusivity and coverage
    (2) Statistical tests for rare variant association

■ 등 록

등록인원 : 하루 강좌 당 50명 내외

참 가 비 : 하루 강좌 당 참가비

등록방법 : http://www.snubi.org/workshop/the12thgda/registration.html

	1월20일 이전	1월20일 이후
공공/대학/정부	80,000	100,000
일반(기업등)	120,000	160,000

* 한 사람이 3개의 강좌까지 선택 수강 가능

강의교재 및 중식 제공

강의대상: 대규모 유전체 데이터 분석과 응용에 관심 있는 BT, IT, 혹은 의학 분야 전공자
환불규정: 1월20일 이전 취소: 전액 반환
                1월 20일 ~ 1월26일 취소: 50% 환불
                1월 26일 이후: 환불 불가
등록 신청 후 3일 (공휴일, 주말을 제외하고) 이내에 아래의 계좌로 입금해 주십시오.
        신한은행: 100-030-939898 / 예금주: 사단법인한국생물정보시스템생물학회

■ 준비사항

실습을 위한 참가자 전원 개인 노트북 컴퓨터 준비
R (http://www.r-project.org/), Bioconductor(http://www.bioconductor.org/)

강좌 일정

강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Translational Bioinformatics: Public Bio Big Data

2월 20일(월)

시간	주 제	강 사
8:30 ~ 9:30	등록 및 사전 프로그램 설치
9:30 ~ 9:50	Translational Bioinformatics: Public Bio Big Data	김주한 교수
9:50 ~ 10:40	TCGA Project and Cancer Genome Research - TCGA Introduction - TCGA Data and Scientific Findings - Impact of TCGA and Future	김태민 교수 (카톨릭의대)
10:50 ~ 12:10	실 습 I: TCGA Somatic Mutation Landscape Find Significantly Mutated Genes Identify Driver Groups of Mutations	이우승, 임영균
12:10 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:00	The 1000 Genomes Project and Human Genome Diversity - 1000 Genome Samples and Populations - Mutation Frequencies in Diverse Populations - 1KP Tranomes and Functional Variation	이계화 박사 (서울의대)
14:10 ~ 15:30	실 습 II: The 1000 Genomes Project Browser Allele Frequency and Genotypic Frequency Calculation Identification of Rare and Deleterious Mutations	박유미, 김주연
15:40 ~ 16:30	The Dominant Regulatory microRNAs and Epigenetic Modulators - Translational Research - Oncogenomics - Epigenetic Regulation	남석우 교수 (카톨릭의대)
16:40 ~ 18:00	실 습 III: ENCODE Data at UCSC Genome Browser DNA Mutations in Genome Level Functional Methylation/Histone Modification in Epigenetic Level Epigenetic Regulation of Gene Expression	윤선민, 김기태

DAY 2: Methodology and Application for Next Generation Sequencing

2월 21일(화)

시간	주 제	강 사
8:30 ~ 9:30	등록 및 사전 프로그램 설치
9:30 ~ 9:50	Methodology and Application for Next Generation Sequencing	김주한 교수
9:50 ~ 10:40	NGS Platforms and Applications - Current NGS Platforms - NGS Data Formats - NGS Data Analysis Technologies - NGS Applications	서희원 연구원 (서울의대)
10:50 ~ 12:10	실 습 I: NGS Data Processing NGS Data Format Converting NGS Visualization Tools	서희원, 류영재
12:10 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:00	NGS Data Analysis - Sequence Alignment Algorithms - Whole Genome and Exome Data Analysis - Variation Detection and Reference Genome	최무림 교수 (서울의대)
14:10 ~ 15:30	실 습 II: Exome Sequencing Alignment SNP and Indel Identification Variation Filtering	박찬희, 김주연
15:40 ~ 16:30	Advanced NGS Data Analysis - Different types of variation in cancer - Matched normal and tumor pair data analysis - Cancer clonality and sequencing depth - Visualizaing cancer genomics data	김상우 교수 (연세의대)
16:40 ~ 18:00	실 습 III: Somatic mutation/CNV detection Read depth, quailty and coverage Mutual exclusivity and coverage Lollipop and CIRCOS plot for visualization	김기태, 임영균

DAY 3: NGS-based Rare and Common Disease Variant Analysis

2월 22일(수)

시간	주 제	강 사
8:30 ~ 9:30	등록 및 사전 프로그램 설치
9:30 ~ 9:50	NGS-based Rare and Common Disease Variant Analysis	김주한 교수
9:50 ~ 10:40	Rare and common disease variant analysis using NGS - CVCD vs. RVCD: synthetic association - Variant prioritization strategy - Interpretation of deleterious variants - Gene-centric approaches	김주한 교수 (서울의대)
10:50 ~ 12:10	실 습 I: Functional effects of variant (CADD, SIFT, PolyPhen2) Gene-wise analysis using gene scoring system (RVIS, GDI)	박유미, 서희원
12:10 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:00	Advanced methods and algorithms for genetic association analysis - Statistical methods for genomic association tests - HLA imputation and fine-mapping - Analysis of clinical geterogeneity and pleiotropy	한 범 교수 (울산의대)
14:10 ~ 15:30	실 습 II: Statistical tests for association (Chi-square, Fisher's exact test and Odds ratio) Rare variant association tests (Burden tests, SKAT, SKAT-O)	이정훈, 윤선민
15:40 ~ 16:30	NGS Applications of Clinical Genetics and Genomics - Understanding genetic risk prediction - Genetic counseling - Incidental findings from genomic sequencing data	이계화 박사 (서울의대)
16:40 ~ 18:00	실 습 III: Genetic Risk Prediction methods ACMG recommended genes annotation Resources for personal genome interpretation(ClinVar, HGMD, PheGeni, SNPedia, PhenoDB)	윤선민, 류영재

DAY 4: Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics

2월 23일(목)

시간	주 제	강 사
8:30 ~ 9:30	등록 및 사전 프로그램 설치
9:30 ~ 9:50	Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics	김주한 교수
9:50 ~ 10:40	Exome Sequencing Analysis in Clinical Research - Exome Sequencing Data - Study Design and Workflow - Exome Sequencing of Familial Disease	김남신 박사 (생명공학연구원)
10:50 ~ 12:10	실 습 I: Trio-Exome-Sequencing Data Analysis Known Variant Filtering Detection of Disease-causing Variations Disease Gene Prioritization	박유미, 서희원
12:10 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:00	Cancer Genome Bioinformatics - Cancer Genome Analysis - Identifying Genomic Rearrangement - Gene Fusion Analysis - Survival Analysis	송영수 교수 (한양의대)
14:10 ~ 15:30	실 습 II: Fusion Gene Analysis from RNA-seq Network and Survival Analysis Resources for Cancer Research: cBioPortal, COSMIC, CCLE, OncoMap	임영균, 박지혜
15:40 ~ 16:30	Copy Number and Genomic Rearrangement - CNV Identification in Cancer Genome - Copy Number Data Processing - Genomic Rearrangement	김봉조 박사 (국립보건연구원)
16:40 ~ 18:00	실 습 III: Cancer Genomic Rearrangement Identification of CNV regions CNV Database	김기태, 송유림

DAY 5: Advanced Microarray and RNA-seq Data Analysis

2월 24일(금)

시간	주 제	강 사
8:30 ~ 9:30	등록 및 사전 프로그램 설치
9:30 ~ 9:50	Advanced Microarray and RNA-seq Data Analysis	김주한 교수
9:50 ~ 10:40	RNA-Seq Data Analysis - Read Alignment Methods - Expression Quantification Strategy - Differentially Expressed Genes Identification	김근수 교수 (단국대)
10:50 ~ 12:10	실 습 I: Read alignment with TopHat, Expression Quantification with Cufflinks RNA-Seq Gene Expression Analysis	이우승, 이정훈
12:10 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:00	Biological Interpretation of Tranome Data - Gene Ontology & Pathway Analysis - Gene Set Enrichment Analysis - Prognostic Subgroup Prediction	김주한 교수 (서울의대)
14:10 ~ 15:30	실 습 II: Gene Set Enrichment Analysis Cox-PH, Log Rank Test David, ArrayXPath	김주연, 임영균
15:40 ~ 16:30	Sequence-level Tranome Analysis - Alternative Splicing Events - Alternative Polyadenylation Analysis - RNA Editing Analysis - Non-coding RNA Characterization	박지연 박사 (서울의대)
16:40 ~ 18:00	실 습 III: Alternative Splicing Identification RNA-DNA Difference (RDD) Analysis RNA Editing Site Annotation	류영재, 송유림

오시는 길

교육장소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀, 서울시 종로구 대학로 103

교 통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구

...................(계속)

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