바이오인

 CRISPR-BetaBinomial(CB2) 기법을 이용한

 CRISPR pooled screen data 분석

일시: 2019.06.26

사전접수: 2019.06.17~06.25

장소: Online 개최

주관: BRIC

문의: member@ibric.org

세미나 개요

CRISPR/Cas9 유전자 편집 기술은 현재 다양한 분야에 활용되고 있는데, disease pathogenesis나 cellular biology에 대해 연관성 있는 유전자 후보군을 찾기 위한 pooled genetic screen (CRISPR pooled screen)을 위해서도 널리 사용되고 있습니다. 이를 통해 high-throughput의 genetic screen이 가능하게 되었으며, screen의 결과로 next generation sequencing (NGS) data가 생성됩니다. CRISPRBetaBinomial(CB2) 기법은 beta-binomial 분포 기반의 modeling을 통한 유전자 후보군을 선별하는 방법과 sliding window 알고리즘을 이용한 정량화 알고리즘으로 구성된 방법으로, 5개의 essential gene screen data 분석 결과를 이전에 발표된 방법들과 비교했을 때, CB2가 가장 높은 정확도를 보이고, 정량화 부분에서도 기존에 개발된 알고리즘보다 높은 정확도를 보임을 확인할 수 있었습니다. CB2 는 현재 R 프로그래밍 언어의 package로 제공하고 있으며 (https://cran.r-project.org/package=CB2), 프로그래밍이나 데이터 분석에 어려움이 있는 연구자들을 위해서 본 연구팀이 2017년에 개발하고 발표한 CRISPR pooled screen 데이터 분석 cloud-computing framework인 CRISPRcloud (http://crispr.nrihub.org)에서도 사용 가능합니다.

진행 방법

○ 실시간 온라인 세미나로 시행하며, PC/노트북, 안드로이드 계열의 모바일 기기로 접속합니다.
○ 첫 접속시 Webex 프로그램을 설치하셔야 합니다(약 10초 소요).
○ 회당 정원은 100명 미만으로 열립니다.
○ 예상소요시간은 총 40분이며, 연사발표 30분, 질문 및 토의 10분으로 진행합니다.

사전 준비

○ 접속은 웨비나 시작 30분 전부터 가능합니다.(BRIC에서 개설을 하여야 접속이 가능합니다.)
○ 세미나 참석에 관한 구체적인 안내는 참석을 접수하신 분들에게 메일을 통해 개별적으로 안내해 드립니다.
○ 참석 신청을 하였으나 온라인 세미나에 참석하지 못하는 분은 다른 분이 참석할 수 있도록 사전에 연락 주시길 바랍니다.

...................(계속)

☞ 자세한 내용은 내용바로가기 또는 첨부파일을 이용하시기 바랍니다.