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[프로메가 웨비나] 화학적 촉매 기술을 활용한 FFPE DNA 정제 실험 개선

프로메가 웨비나에 초대합니다!

화학적 촉매 기술을 활용한 FFPE DNA 정제 실험 개선

2024년 10월 3일 목요일 오후 1:00

FFPE(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) 조직은 중요한 샘플 유형입니다. FFPE에서 DNA를 정제하기 전에, formalin에 의해 형성된 crosslink를 고온에서 오랜 시간 동안 incubation을 통해 풀어야 합니다. 이러한 decrosslinking 단계는 nucleic acid의 quality를 저하시킬 수 있으며, 실험실 workflow에 어려움을 초래할 수 있습니다.

이번 웨비나에서는 formalin에 의해 형성된 DNA-DNA/protein decrosslink를 촉진하는 새로운 화학적 방법을 소개합니다. Decrosslinking reagent의 chemical screen을 통해, 선택적으로 formalin crosslink를 해제하고 decrosslinking 시간을 4시간에서 30분으로 줄이는 화합물이 발견되었습니다. 이 촉매 기술을 사용하여 정제된 FFPE DNA의 quality를 qPCR, absorbance, fluorescence 및 hybridization 실험을 통해 평가하였습니다. 또한, targeted amplification을 이용한 Next-generation sequencing(NGS)을 통해 DNA quality를 확인하였습니다. NGS 분석 결과, FFPE에서 발생하는 cytosine deamination에 의한 C-to-T transition과 같은 mutational artifact의 비율이 decrosslinking 시간이 길어질수록 증가하는 것으로 나타났습니다. 그러나 최적화된 촉매 기반 workflow를 통해 정제된 DNA는 상대적으로 낮은 C-to-T transition 비율을 보였으며, 이는 짧아진 incubation이 sequencing 실험에서 DNA quality를 향상시킬 수 있음을 시사합니다. 이 연구에서 개발된 방법은 FFPE 조직 DNA 정제 workflow를 크게 단축시키며, DNA sequencing quality를 개선할 가능성을 가지고 있습니다.

이번 웨비나에서는 아래의 내용을 다룰 예정입니다.

FFPE DNA 정제 workflow에서 decrosslinking의 문제점

Promega가 개발한 FFPE DNA의 formalin decrosslink를 촉진하는 새로운 화학적 방법 소개

Decrosslinking incubation이 NGS에서 FFPE DNA quality에 미치는 영향 (특히 cytosine deamination으로 인한 발생되는 C-to-T transition)

이번 웨비나에 참석하셔서 FFPE 샘플의 DNA 정제 시간을 혁신적으로 단축하고, DNA sequencing 결과를 개선할 수 있는 새로운 방법을 확인해보세요.

...................(계속)

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