바이오인

1. 서 론 지난 2. 12일 미국과 영국 등 6개국 컨소시엄인 인간게놈프로젝트와 미국 셀레라 지노믹스가 인간게놈의 99%에 해당하는 부분의 지도를 완성했다고 발표했다. 작년까지만 해도 2003년에 인간의 유전자를 완전히 해독할 것이라고 예상했었으나 컴퓨터프로그램이 분석작업의 도움으로 예상보다 해독작업이 빨랐다는 분석이다. 그러나 유전체 지도의 완성은 이제 유전체의 기능 연구를 시작할 수 있는 자원을 제공해 준 데 불과하며 앞으로 게놈 프로젝트 이후의 작업, 즉 기능 게놈 연구를 통해서 비로소 인간의 유전적 질병과 환경에 의한 질병을 밝히게 될 것이다. 기능 게놈 연구를 통해서 유전자가 어떤 생물학적 기능을 지니고 있는지 그리고 질병 유전자들은 보통유전자와 어떻게 다른지 규명하는 것이다. 이를 통해 질병에 대한 예방.치료 방법을 마련할 수 있는 것이다. NIH에서는 포스트 지놈 프로젝트의 일부로 단백질에 대한 연구도 진행중이다. 유전체 연구나 기능 게놈 연구는 암이나 에이즈와 같은 난치병 치료를 해결할 수 있는 마지막 보루에 해당하는 것이므로 이들 연구 결과물에 대하여 특허권을 먼저 획득하는 것이 무엇보다 중요하다. 미국, 유럽, 일본의 3극 특허청은 지난 98년 Trilateral Project B3b를 통하여 유전자 관련 발명에 대한 특허성 판단 기준의 공통 지침을 발표한 바 있으며, 이후 일본에서는 1999년 「遺傳子關聯 發明의 審査의 運用에 관한 事例集」을 작성하여 발명자들에게 유전체 연구의 결과물을 조속히 특허받을 수 있도록 지침을 발표한 바 있다. 본고에서는 일본에서 발표한 위 사례집에서 발명자들이 가장 필요하다고 생각되는 몇 가지 예를 발췌하여 소개하고자 한다. 2. 유용성을 만족시키지 못하는 발명에 관한 사례 유용성(utility)은 우리나라 심사기준에서는 유용성 또는 발명의 완성을 평가하는 사항으로 특허법 제29조 제1항 본문 규정 중 발명이라고 할 수 있느냐 없느냐를 평가하는 것이다. 미국에서는 이를 utility requirement, 일본에서는 實施可能要件을 만족하는가의 여부로 평가되지만, 이는 우리나라에서 미완성 발명 또는 비발명으로 판단되어 발명에 해당되지 않는다는 거절이유와 동일한 의미로 해석할 수 있다. 유전자 관련 발명에서 유용성 문제는 특정의 기능 즉 특정의 용도를 유추할 수 있는 기능을 어느 정도 객관성 있게 기재하였는가의 여부에 의해서 판단된다. 예를 들어 질병의 치료제는 특정의 기능을 만족할 수 없고, 당뇨병 치료제로 기재하여야 하며 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 데이터가 기재되어야만 비로서 유용성 요건을 만족하게 되는 것이다. 다음 예를 통하여 유용성 요건을 살펴보고자 한다. 【전장(full length) cDNA에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호 5로 표시되는 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명에 기재된 사항] 서열번호 5로 표현되는 DNA로 이루어진 폴리뉴클레오티드는 사람 간세포 cDNA 라이브러리로부터 얻어진 3000개의 염기서열로 되어 있고, 서열번호6으로 표시된 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드를 코드하는 것이다. 본 출원 전에 공개된 서열 데이터베이스를 이용해서 서열번호5 및 6으로 표시된 DNA 및 아미노산 서열의 호모로지를 검색한 결과, 상동성이 30%이상의 서열은 검색되지 않았다. 한편 서열번호6의 아미노산 서열 해석으로부터 본 폴리펩티드는 글리코실화 가능 부위가 있는 것이 판명되었다. 따라서 청구항1에 관련된 폴리뉴클레오티드는 미지의 기능을 가졌고, 지금까지 알려지지 않은 당단백질을 코드하는 것일 가능성이 있어서 새로운 의약의 개발에 유용한 것이다. [선행기술 조사 결과] 상동성이 30% 이상의 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. [거절이유의 개요] 당단백질에는 여러 종류의 기능을 가지는 것이 존재하므로 본 발명의 폴리뉴클레오티드가 가령 당단백질을 코드하는 것이라고 하여도 이 당단백질이 어떠한 특정의 기능을 가지는 것인지는 명확하지 않다. 또한 본 출원시의 기술 상식을 고려하여도 서열번호5로 표시되는 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드가 실제로 어떠한 특정의 기능(특정의 용도를 유추할 수 있는 기능)을 가지는 단백질을 코딩하는 것인가를 예측하는 것은 불가능하다. 그리고, 이 폴리뉴클레오티드가 어떠한 특정의 기능을 가지는 것이 명확하지 않은 이상, 어떤 식으로 사용할 수 있는지도 명확하지 않다. 따라서 청구항1에 관한 발명은 유용성을 만족하는 것으로 인정할 수 없다. 【전장 cDNA에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호7로 표시되는 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] 서열번호7로 표시되는 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드는 사람 간세포 cDNA 라이브러리로부터 얻었고, 2400개의 염기로 이루어진 cDNA이다. 또한 이 폴리뉴클레오티드는 서열번호 8로 표시되는 800개의 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드를 코드하는 것이다. 본 발명 출원 전에 공개되어 있던 DNA 및 아미노산 서열 데이터베이스를 이용하여 서열번호7 및 8로 표시되는 DNA 및 아미노산 서열의 호모로지 검색 결과 각각 문헌 A와 B 등에 기재된 래트 등 몇 개의 포유류의 WW1 인자를 코딩하는 DNA 서열 및 이 WW1 인자의 아미노산 서열과 20-30%의 상동성을 가지고 있었다. 따라서, 청구항 1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는 사람의 WW1 인자를 코딩하는 것으로 유용한 것이다. [선행기술 조사의 결과] 상동성이 40% 이상의 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. [거절이유 개요] 사람의 WW1 인자를 코딩하는 것이라는 근거로서는, 래트 등 몇 개의 포유류의 WW1 인자를 코딩하는 DNA 서열 및 WW1 인자의 아미노산 서열과 20-30%의 상동성을 가지고 있었던 것 뿐이다. 여기에서, 일반적으로 두 개의 폴리뉴클레오티드(폴리펩티드) 사이에서의 DNA(아미노산) 서열의 상동성이 20-30%정도인 경우, 이 2개의 폴리뉴클레오티드(폴리펩티드)는 서로 다른 특정의 기능을 가지는 개연성이 높다고 말할 수 있다. 또한, 어떤 폴리뉴클레오티드(폴리펩티드)가 WW1인자를 코딩하는 폴리뉴클레오티드(WW1인자)와 상동성이 20,30%정도 된다면, 이 폴리뉴클레오티드는 WW1인자를 코딩하는 개연성이 높다는 기술상식이 본 발명 출원시에 있었다고도 말할 수 없다. 그러므로, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는, 실제로는 WW1인자를 코딩하고 있지 않은 개연성이 높기 때문에, 이 폴리뉴클레오티드가 어떠힌 특정의 기능을 가지는 것인지가 불명하고, 또한 실제로 어느 특정의 기능을 가지는 단백질을 코딩하는 것인지를 예측하는 것은 불가능하므로 어떤 식으로 사용할 수 있는지도 불명하다. 따라서, 청구항1에 관한 발명을 당업자가 실시할 수 있을 정도로 명확하고 충분하게 발명의 상세한 설명이 기재되어 있다고 볼 수 없으므로 유용성 요건을 만족하는 것으로 인정될 수 없다. 【전장 cDNA에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호9로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] 서열번호9로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드는, 사람 간세포cDNA 라이브러리에서 얻은 2400개의 염기로 이루어진 cDNA이다. 또한, 이 폴리뉴클레오티드는 서열번호10으로 표시되는 800개의 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드를 코딩하는 것이다. 본 발명 출원전에 공개되어 있던 서열 데이터베이스를 이용하여 서열번호9 및 10으로 표시되는 DNA 및 아미노산 서열의 호모로지 검색을 행한 결과, 문헌A에 기재된 래트의 ZZ1인자, 문헌B에 기재된 돼지의 ZZ2인자 및 문헌C에 기재된 원숭이의 ZZ1인자 수용체 길항제, 각각의 DNA 및 아미노산 서열과, 20,30%의 상동성을 가지고 있었다. 따라서, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는 사람의 ZZ인자에 관련된 단백질을 코딩하는 것으로, ZZ인자에 관련된 치병의 치료 등에 유용한 것일 가능성이 있다. [선행기술조사의 결과] 상동성이 40% 이상의 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. [거절이유의 개요] 본 출원 명세서의 래트의 ZZ1인자, 돼지의 ZZ2인자, 원숭이의 ZZ1인자 수용체의 안타고니스트, 각각의 DNA 및 아미노산 서열과, 20,30%의 상동성을 가지고 있었다라는 기재 및 사람의 ZZ인자에 관련된 단백질을 코딩한다라는 기재에서는, 사람ZZ1인자를 코딩한다라는 것까지도 나타나 있다고는, 본 발명 출원시의 기술상식에서는 유추할 수 없다. ZZ인자에 관련된 단백질인 ZZ1인자, ZZ2인자, 및 ZZ1인자 수용체 길항제는 각각 완전히 다른 특정의 기능, 즉 특정의 용도를 유추할 수 있는 기능을 가지고 있는 것이 알려져 있으므로, 본 발명 출원시의 기술상식을 고려하여도 이 폴리뉴클레오티드가 실제로 어느 특정의 기능을 가지는 단백질을 코딩하는 것인지를 예측하는 것은 불가능하다. 그리고, 이 폴리뉴클레오티드가 어떠한 특정의 기능을 가지는 것인가가 불명한 이상, 어떤 식으로 사용할 수 있는 것인지도 불명하다. 따라서, 청구항1에 관한 발명을 당업자가 실시할 수 있을 정도로 명확하고 충분하게 발명의 상세한 설명이 기재되어 있다고 볼 수 없으므로 유용성 요건을 만족하는 것으로 인정할 수 없다. [보충설명] 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드가 ZZ인자 관련 단백질 중 사람의 ZZ1인자를 코드하는 것을 의견서 등에서 입증한다고 하여도, 통상 상기의 거절이유는 해소되지 않는다. 우리 나라에서는 유용성 요건이 결여된 경우 이를 만족시키기 위한 데이터를 추후 보정하여도 받아들여지지 않는다. 발명은 출원 시점에서 완성되어 있어야 하기 때문이다. 이에 대해서는 미국에서도 비슷한 입장을 취하여 추가 데이터를 받아들여주기는 하지만 추가된 데이터에 의해서 비로소 유용성이 입증되는 청구항에 관해서는 출원 시점을 그 데이터 제출일로 간주하는 부분연속출원 제도를 권장하고 있다. 3. 진보성 판단에 관한 사례 진보성(Nonoviousness, Inventive step) 판단이란 그 나라의 기술 수준에 따라 약간의 차이는 있을 수 있을 뿐 아니라, 동일한 선행기술에 대해서도 심사관마다 다소 달리 판단할 수는 있으나, 대부분의 경우 유전자의 유래와 서열 및 기능을 중심으로 판단한다. 【전장 cDNA에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호11로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] 서열번호11로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드는, 사람 간세포 cDNA 라이브러리로부터 취득한 2700개의 염기로 이루어진 cDNA이다. 또한, 이 폴리뉴클레오티드는 서열번호12로 표시되는 900개의 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드를 코드하는 것이다. 본 발명 출원전에 공개되어 있던 데이터베이스를 이용하여 서열번호11 및 12로 표시되는 DNA 및 아미노산 서열의 호모로지 검색을 행한 결과, 각각 문헌A에 기재된 래트의 XX1인자를 코딩하는 DNA서열 및 이 XX1인자의 아미노산 서열과, 80% 및 85%의 상동성을 가지고 있었다. 따라서, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는, 사람의 XX1인자를 코딩하는 것으로 유용한 것이다. [선행기술조사의 결과] 상기 이외에 상동성이 80%이상의 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. 사람 등의 포유동물이 XX1인자를 가지는 것은, 주지의 기술이다. [거절이유의 개요] 어떤 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 얻는 것은, 본 발명 출원전 주지의 과제이다. 그리고, 어떤 포유류의 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드와, 다른 포유류의 이 단백질에 대응하는 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드와는, 일반적으로 상동성이 높다는 기술상식에 근거하여, 어떤 포유류의 기지(旣知)의 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 일부를 PCR 프라이머를 이용하여 다른 포유류의 이 단백질에 대응하는 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드를 DNA 프라이머를 이용한 PCR법 등에 의해 얻어진 것은 본 발명의 출원전의 주지의 기술이다. 그렇다면, 문헌A에 기재된 래트의 XX1인자를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 DNA서열에 근거하여 작성한 DNA 프로브를 이용하여 사람XX1인자를 얻기 위하여 사람 유래의 cDNA 라이브러리에서 사람의 XX1인자를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 얻는 일은, 당업자가 용이하게 이룰 수 있는 일이다. 그리고, 청구항 1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드가 상기 문헌A 및 주지기술에서 예측할 수 없는 유리한 효과를 발휘하는 것으로 볼 수도 없으므로 진보성을 인정할 수 없다. [거절이유에 대한 대응] 본 발명 출원시의 기술수준으로는 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드를 얻는 것이 곤란하다거나 하는 이유를 의견서 등으로 입증하게 되면 상기의 거절이유가 해소되는 경우가 있다. [보충설명] XX1인자의 특정의 기능, 즉 특정의 용도를 유추할 수 있는 기능은 알려져 있다. 4. 진보성과 유용성을 모두 만족시키지 못하는 발명에 관한 사례 【 DNA 단편에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호13으로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] cDNA 라이브러리는 올리고 dT 프라이머를 이용하여 사람의 간장으로부터 구축된 서열번호13으로 표시되는 DNA 서열은, 자동 DNA 서열결정장치를 이용하여 분석된 길이 500염기의 서열의 하나이다. 서열번호13의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드는, 구조유전자의 일부로 전장 DNA를 얻기 위한 단계의 하나에 있어서 프로브로서 이용할 수 있다. 그렇지만, 전장 DNA가 실제로 얻어진 것을 나타내는 실시예는 없고, 폴리뉴클레오티드와 그것이 대응하는 단백질의 기능이나 생리활성에 관한 기재도 없다. [선행기술조사의 결과] 상동성이 30% 이상인 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. [거절이유의 개요] ① 진보성에 대하여 사람의 세포로부터 cDNA를 얻고, 서열을 결정하는 것은 주지의 과제이다. 또한 간장 등의 사람조직 유래의 cDNA 라이브러리를 만들고, 그 라이브러리로부터 무작위로 선택되어진 cDNA의 서열을 자동서열결정장치를 이용하여 분석하고 서열정보를 얻는 일은 당업자에게 용이한 것이다. 그리고, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드가 상기 주지의 기술로부터 예측할 수 없는 유리한 결과를 얻는 것으로 보이지도 않으므로 진보성을 인정할 수 없다. ② 유용성에 대하여 발명의 상세한 설명에는, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는 전장DNA를 얻는 단계의 하나에 있어서 프로브로서 사용할 수 있다고 기재되어 있으나, 대응하는 전장 DNA에 코딩되는 단백질의 기능이나 생리활성에 관한 기재는 없고, 그것들을 예측하는 것도 불가능하다. 대응하는 단백질의 기능이나 생리활성이 미지의 전장 DNA를 얻기 위하여 DNA단편을 사용하는 것은, 산업상 이용가능한 사용이라고는 인정할 수 없다. 따라서, 청구항1에 관한 발명을 당업자가 실시할 수 있을 정도로 명확하고 충분하게 발명의 상세한 설명이 기재되어 있다고 볼 수도 없으므로 유용성을 인정할 수 없다. 【 SNP 에 관한 발명 】 [청구항1] 서열번호14 또는 15로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 있어서, 100번째의 염기(다형부위)를 포함하는 20,100의 연속(聯續)한 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] 10명의 게놈 DNA○○ 로커스 중 500염기분의 서열을 결정 및 비교한 결과, 서열번호14로 표시되는 DNA를 가지는 사람이 6명, 서열번호15로 표시되는 DNA를 가진 사람이 4명 있었다. 양 서열은 100번째의 염기가 서열번호14로 표시되는 DNA서열로는 g인 것에 대하여 서열번호15로 표시되는 DNA서열에서는 c인 점만 다르다. 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는, 법의학적 결정에 사용할 수 없다. [선행기술조사의 결과] 서열번호14 및 15로 표시되는 게놈DNA의 염기서열은 알려져 있지 않다. 더욱이 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드도 알려져 있지 않다. [거절이유의 개요] ① 진보성에 대하여 인간게놈DNA의 다형부위를 검출하는 일은, 이 분야에 있어서의 주지의 과제이다. 또한, 복수개의 인간 유래 게놈 DNA의 염기서열을 결정하고, 그 서열을 비교하는 것으로 다형부위를 검출하는 것은, 이 분야에 있어서의 주지의 기술이다. 그렇다면, 복수개의 인간 유래 게놈 DNA의 서열을 결정하고, 유래하는 인간에 의하여 달라지는 게놈 부분의 서열을 결정하는 것은 당업자가 용이하게 이룰 수 있다. 그리고, 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드가 상기 주지기술로에서 예측할 수 없는 유리한 효과를 가지는 것으로 볼 수 없으므로 진보성을 인정할 수 없다. ② 유용성에 대하여 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는 법의학적 감정에 사용할 수 있음이 기재되어 있으나, 통상 단독의 SNP를 법의학적 감정에 사용하는 일은 없기 때문에, 법의학적 감정에 사용할 수 있음을 기재한 것만으로는, 본 발명의 SNP를 가지는 폴리뉴클레오티드가 산업상 이용 가능하도록 사용할 수 있음을 표시한 것이 되지는 않으므로 유용성 요건을 만족시킬 수 없다. 5. 진보성과 유용성을 모두 만족시키는 발명에 관한 사례 【 DNA 단편에 관한 발명】 [청구항1] 서열번호16으로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 [발명의 상세한 설명의 개요] 이 폴리뉴클레오티드는, 질병Y의 환자의 간세포로부터 구축된 cDNA 라이브러리로 발견되지만, 건강한 정상인의 간세포에 있어서는 검출되지 않는 길이 500bp의 cDNA의 하나이다. 노던 하이브리디제이션에 의하여, 대응하는 mRNA는 질병Y의 환자의 간세포에 있어서만 발현되어 있음이 확인되었다. 따라서, 이 폴리뉴클레오티드는 질병Y를 진단에 이용할 수 있다. [선행기술조사의 결과] 질병Y의 환자에게 특유의 폴리뉴클레오티드 및 단백질은 알려져 있지 않다. 상동성이 30%이상의 DNA 및 아미노산 서열은 발견되지 않았다. [판단] 청구항1에 관한 발명의 폴리뉴클레오티드는 질병Y의 진단에 이용할 수 있다고 하는 종래 기술에서 예측할 수 없는 현저한 효과를 가지므로 진보성이 인정된다. 또한 질병Y를 진단할 수 있음이 노던에 의해 객관적으로 증명되므로 유용성을 만족시킬 수 있는 발명이다. [주] 다만, 청구항1이 서열번호16으로 표시되는 DNA서열을 포함하는(comprising) 폴리뉴클레오티드라고 기재되어 있는 경우는, 서열번호16으로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드를 일부분으로서 포함하는 모든 폴리뉴클레오티드까지 포함되게 된다. 아주 긴 비특징적인 부분을 가지는 폴리뉴클레오티드 중에는 질병 Y의 진단에 사용할 수 없는 것이 포함된다고 해석되기 때문에, 청구항1에 관한 발명에는 유용성이 결여된 부분을 포함하고 있다고 하는 거절이유가 통지된다(이 거절이유는, 서열번호6으로 표시되는 DNA서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 D