바이오인

전장유전체 분석 기반 경북권 코로나19 진단검사 특이사례 분석

◈ 목차

⑴ 서 론

⑵ 방 법

  1. 분석 대상

  2. 코로나19 진단 검사

  3. 전장유전체 정보 분석 및 GISAID 등록

  4. 인실리코 분석

⑶ 결 과

  1. 코로나19 진단

  2. 전장유전체 분석

  3. 표적 유전자 인실리코 분석

⑷ 결 론

◈본문

초 록

경북지역 코로나바이러스감염증-19(코로나19) 의심 환자의 진단검사 시 특정 제조사 진단 시약을 사용한 유전자 검출 검사에서 표적 검출 유전자(E 및 ORF1ab)의 Ct 값(cycle threshold value)이 서로 상이하여 전장유전체 염기서열 분석 및 컴퓨터 프로그램을 활용하여 원인을 분석하고자 하였다. 코로나19 확진자 13명의 검체로부터 코로나19 바이러스의 전장유전체 염기서열 정보를 분석한 결과 오미크론 세부계통이 BA.1.1 (5명), BA.2 (4명), BA.2.3 (4명)이었다. 세부적으로 E 유전자 영역에서 R61C 또는 R61H 변이를 확인하였고, ORF1ab NSP3 유전자 영역에서 변이(L142W)와 166–178 염기서열 결손을 확인하였다. 컴퓨터 프로그램을 활용한 인실리코 분석에서 E 유전자 부위(R61H)의 변이는 특정 제조사 진단 시약의 검출 표적 부위가 아니였으나, ORF1ab NSP3 유전자 영역의 변이(L142W)와 염기서열 결손(166–178)은 특정 유전자 검출 시약으로 코로나19 진단검사 수행 시 영향을 주는 부위로 확인되었다. 따라서 코로나19바이러스 전장유전체 분석 결과를 바탕으로 바이러스 변이 감시에 활용할 뿐만 아니라 바이러스 유전자 진단에 미치는 영향을 분석할 수 있으므로 지속적인 연구가 필요할 것으로 판단된다.

서 론

2019년 12월 중국 후베이성 우한에서 원인을 알 수 없는 호흡기 폐렴 사례가 발생한 이후로 사람과 사람 사이의 전파를 통해 지역사회 감염을 넘어 전 세계로 급속하게 펴져 나갔다. 이 원인 바이러스는 코로나 바이러스 중 하나이며, 기존의 알려진 Severe acute respiratory syndrome (SARS) 코로나 바이러스와는 유전적으로 상이한 신종임이 밝혀졌으며, 세계적 확산에 따라 현재 코로나바이러스감염증-19 원인 병원체(severe acute respiratory syndrome coronavirus-2, SARS-CoV-2)의 유전적 계통이 점점 다양해지고 있다. 세계보건기구(World Health Organization, WHO) 긴급자문 위원회(Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution)는 2021년 11월 오미크론 변이 바이러스를 주요 변이 바이러스(Variant of Concern)로 분류하였다[1,2]. 또한 오미크론은 390개의 세부계통으로 재분류되었으며, 이 중에 BA.5는 140개, BA.4는 20개, BA.2는 172개의 세부계통으로 재분류 되었다(2022년 10월) [3,4]. 국내에서는 지난 2022년 5월과 7월에 BA.4/BA.5 및 BA.2.75가 각각 확인되어 2022년 11월을 기준으로 BA.5 세부계통(BF.7, BQ.1, BQ.1.1 포함) 검출률이 85.1%, BA.2.75 세부계통(BN.1 포함) 검출률은 11.6%이다[5].

...................(계속)

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